Die Stadt Pfaffenhofen hat für die Zeit des Bahnhofsumbaus zusätzliche Pendlerparkplätze geschaffen. Auf dem teilweise brach liegenden Gelände der BayWa sind rund einhundert zusätzliche Stellplätze in unmittelbarer Nähe zum Bahnhof ausgewiesen worden. Diese Parkplätze stehen den Autofahrern ab der Pfingstwoche bis zum Ende der Bauarbeiten zur Verfügung. Die Zufahrt zum Parkplatz erfolgt von der B 13 aus über die Einfahrt zur BayWa Tankstelle. Die Nutzung ist kostenlos.